本ページでは、mdxIIの通常計算ノード群上に、「Gaussian16.C02 が利用可能な Linux サーバ環境」を構築する手順をご紹介します。この手順に従って仮想マシンを起動すれば、Gaussian16をすぐに利用して計算を実行できます。
※Gaussian16をご利用いただくためのライセンス料は不要です。mdxII の利用者はどなたでもご利用いただけます。
Gaussian16は大阪大学 D3センターが保有する Commercial Site License および Annual Maintenance Program に基づき、大阪大学外の方に対しても提供しております。
最初に、こちらのクイックスタートガイドを参照いただき、
1.キーペアの登録
2.セキュリティグループの作成
までを実施していただきますよう、お願いいたします。
3. 仮想マシンの作成
以降については、以下をご参照ください。
3. Gaussianインストール済 仮想マシンの作成
（1）[プロジェクト]メニュー > [コンピュート]パネル > [インスタンス]タブをクリックします。
（2）[インスタンスの起動]ボタンをクリックします。
（3）以下の項目を入力して[次へ]ボタンをクリックします。
・インスタンス名：※任意
（4）利用可能欄から仮想マシンのOSイメージを選択します。
今回はGaussian16がインストール済のRocky Linuxである「mdxII-RockyLinux-9.6-Gaussian16-C02」の[↑]ボタンをクリックします。
また、ボリュームサイズ(GB)には 45 GB以上の容量を入力してください。本手順では少し余裕をみて 50 GBを指定しています。
入力が終わりましたら、[次へ]ボタンをクリックします。
（5）仮想マシンに割り当てる資源量として選択するフレーバーの[↑]ボタンをクリックして[次へ]ボタンをクリックします。Lustreマウントを利用する場合はvc8m16g以上のフレーバーを選択してください。
※黄色の三角マークが表示されているフレーバーは、プロジェクトのクォータを超過しているため利用できません。
（6）仮想マシンに接続するネットワークの[↑]ボタンをクリックして[セキュリティーグループ]タブをクリックします。
本クイックスタートでは「lustre-network」を使用する構成としています。
本運用開始時には「mdxII 利用方法(pdfマニュアル)」に従って、用途に適したネットワーク構成をご選定ください。
（7）仮想マシンに適用するセキュリティグループを選択します。
デフォルトでは「default」が適用されていますが、「default」セキュリティグループの使用は推奨されていません。
そのため、「default」の［↓］ボタンをクリックして**デタッチ（解除）し、作成したセキュリティグループの［↑］ボタンをクリックしてアタッチ（適用）**してください。
セキュリティーグループの選択後に[次へ]ボタンをクリックします。
※複数選択が可能です。
（8）仮想マシンに登録するキーペア（SSH公開鍵）を選択します。登録済みのキーペアが1つの場合は、デフォルトで選択されます。複数のキーペアがある場合は[↑][↓]ボタンで登録するキーペアを選択してください。選択後、[インスタンスの作成]ボタンをクリックします。
（9）インスタンスの一覧で作成した仮想マシンが表示され、Statusが「稼働中」であることを確認します。
*「Status」が「稼働中」になるまでには、少し時間がかかります。
4. Floating IPの付与
Floating IPを仮想マシンに割り当てることで、インターネット等の外部ネットワークとの通信を有効にすることができます。
（1）[プロジェクト]メニュー > [ネットワーク]パネル > [Floating IP]タブをクリックします。
（2）[Floating IPの確保]ボタンをクリックします。
（3）[プール]のプルダウンメニューから「public-network」を選択して[IPの確保]ボタンをクリックします。
（4）Floating IPの一覧で確保したIPアドレスが表示されます。
（5）[割り当て]ボタンをクリックします。
（6）IPを割り当てるポートのプルダウンメニューでFloating IPを割り当てる仮想マシンを選択して、[割り当て]ボタンをクリックします。
（7）一覧のMapped Fixed IP Addressに割り当てた仮想マシン名とFloating IPが表示されていることを確認します。
5. 仮想マシンへのアクセス
仮想マシンに割り当てた Floating IP に対して、SSH でアクセスします。
SSHアクセスには、仮想マシン作成時に指定したキーペアの秘密鍵を使用します。
以下がSSH接続の基本的なコマンド例です。
$ ssh -i <SSH秘密鍵> -l <初期ユーザ名> <仮想マシンのFloating IP>
例）$ ssh -i test_keypair.pem -l mdxuser 192.50.2.114
※今回のOSイメージから仮想マシンを作成した場合、初期ユーザ名は「mdxuser」になります。
※仮想マシンにSSHアクセスできない場合、セキュリティグループで必要な通信が許可されていることを確認してください。
※初回接続時に「Are you sure you want to continue connecting?」と聞かれた際は、接続先が間違いないことを確認し yes と入力してください。
6. Gaussian16の利用
本手順で起動いただいた仮想マシンでは、Gaussian16.C02が/home/mdxuser/g16にインストールされた状態となっております。
実行コマンド”g16″のパスも設定済ですので、すぐに計算いただくことが可能です。
実行手順は以下のとおりです。
# inputファイルであるtest0397.comをホームディレクトリにコピーします。
cp ~/g16/g16/tests/com/test0397.com ~/
# Gaussian16でtest0397を実行します。
g16 < ~/test0397.com
（1）[プロジェクト]メニュー > [コンピュート]パネル > [インスタンス]タブをクリックします。
（2）[インスタンスの起動]ボタンをクリックします。
（3）以下の項目を入力して[次へ]ボタンをクリックします。
・インスタンス名：※任意
（4）利用可能欄から仮想マシンのOSイメージを選択します。
今回はGaussian16がインストール済のRocky Linuxである「mdxII-RockyLinux-9.6-Gaussian16-C02」の[↑]ボタンをクリックします。
また、ボリュームサイズ(GB)には 45 GB以上の容量を入力してください。本手順では少し余裕をみて 50 GBを指定しています。
入力が終わりましたら、[次へ]ボタンをクリックします。
（5）仮想マシンに割り当てる資源量として選択するフレーバーの[↑]ボタンをクリックして[次へ]ボタンをクリックします。Lustreマウントを利用する場合はvc8m16g以上のフレーバーを選択してください。
※黄色の三角マークが表示されているフレーバーは、プロジェクトのクォータを超過しているため利用できません。
（6）仮想マシンに接続するネットワークの[↑]ボタンをクリックして[セキュリティーグループ]タブをクリックします。
本クイックスタートでは「lustre-network」を使用する構成としています。
本運用開始時には「mdxII 利用方法(pdfマニュアル)」に従って、用途に適したネットワーク構成をご選定ください。
（7）仮想マシンに適用するセキュリティグループを選択します。
デフォルトでは「default」が適用されていますが、「default」セキュリティグループの使用は推奨されていません。
そのため、「default」の［↓］ボタンをクリックして**デタッチ（解除）し、作成したセキュリティグループの［↑］ボタンをクリックしてアタッチ（適用）**してください。
セキュリティーグループの選択後に[次へ]ボタンをクリックします。
※複数選択が可能です。
（8）仮想マシンに登録するキーペア（SSH公開鍵）を選択します。登録済みのキーペアが1つの場合は、デフォルトで選択されます。複数のキーペアがある場合は[↑][↓]ボタンで登録するキーペアを選択してください。選択後、[インスタンスの作成]ボタンをクリックします。
（9）インスタンスの一覧で作成した仮想マシンが表示され、Statusが「稼働中」であることを確認します。
*「Status」が「稼働中」になるまでには、少し時間がかかります。
（1）[プロジェクト]メニュー > [ネットワーク]パネル > [Floating IP]タブをクリックします。
（2）[Floating IPの確保]ボタンをクリックします。
（3）[プール]のプルダウンメニューから「public-network」を選択して[IPの確保]ボタンをクリックします。
（4）Floating IPの一覧で確保したIPアドレスが表示されます。
（5）[割り当て]ボタンをクリックします。
（6）IPを割り当てるポートのプルダウンメニューでFloating IPを割り当てる仮想マシンを選択して、[割り当て]ボタンをクリックします。
（7）一覧のMapped Fixed IP Addressに割り当てた仮想マシン名とFloating IPが表示されていることを確認します。
5. 仮想マシンへのアクセス
仮想マシンに割り当てた Floating IP に対して、SSH でアクセスします。
SSHアクセスには、仮想マシン作成時に指定したキーペアの秘密鍵を使用します。
以下がSSH接続の基本的なコマンド例です。
$ ssh -i <SSH秘密鍵> -l <初期ユーザ名> <仮想マシンのFloating IP>
例）$ ssh -i test_keypair.pem -l mdxuser 192.50.2.114
※今回のOSイメージから仮想マシンを作成した場合、初期ユーザ名は「mdxuser」になります。
※仮想マシンにSSHアクセスできない場合、セキュリティグループで必要な通信が許可されていることを確認してください。
※初回接続時に「Are you sure you want to continue connecting?」と聞かれた際は、接続先が間違いないことを確認し yes と入力してください。
6. Gaussian16の利用
本手順で起動いただいた仮想マシンでは、Gaussian16.C02が/home/mdxuser/g16にインストールされた状態となっております。
実行コマンド”g16″のパスも設定済ですので、すぐに計算いただくことが可能です。
実行手順は以下のとおりです。
# inputファイルであるtest0397.comをホームディレクトリにコピーします。
cp ~/g16/g16/tests/com/test0397.com ~/
# Gaussian16でtest0397を実行します。
g16 < ~/test0397.com
SSHアクセスには、仮想マシン作成時に指定したキーペアの秘密鍵を使用します。
以下がSSH接続の基本的なコマンド例です。
$ ssh -i <SSH秘密鍵> -l <初期ユーザ名> <仮想マシンのFloating IP>
例）$ ssh -i test_keypair.pem -l mdxuser 192.50.2.114
※今回のOSイメージから仮想マシンを作成した場合、初期ユーザ名は「mdxuser」になります。
※仮想マシンにSSHアクセスできない場合、セキュリティグループで必要な通信が許可されていることを確認してください。
※初回接続時に「Are you sure you want to continue connecting?」と聞かれた際は、接続先が間違いないことを確認し yes と入力してください。
実行コマンド”g16″のパスも設定済ですので、すぐに計算いただくことが可能です。
実行手順は以下のとおりです。
# inputファイルであるtest0397.comをホームディレクトリにコピーします。
cp ~/g16/g16/tests/com/test0397.com ~/
# Gaussian16でtest0397を実行します。
g16 < ~/test0397.com
※仮想マシンを接続するネットワークは「Lustre用ネットワーク」と「プライベートネットワーク」の2種類あります。
本クイックスタートでは手順を簡略化するため「Lustre用ネットワーク」のみを使用する構成としています。
運用開始時には「mdxII 利用方法(pdfマニュアル)」に従って、用途に適したネットワーク構成をご選定ください。